從2001年到2003年，騰訊的規模和利潤都呈現幾何級的增長。2003年8月，騰訊創業團隊將IDG所持剩餘股權悉數購回，並從MIH手中回購少量股權，經過股權結構的重新調整，最終形成了上市前MIH與創業團隊分別持股50%的股權結構。
認真看一下騰訊2003年的財務報表，大家就會知道，騰訊那時候已經不缺錢了。騰訊的公開資料顯示，它在2004年第一季贏利億元，比2003年同期增長87%。不過，馬化騰不想讓自己的資金來源被風險投資所限制，為了形成多元化的融資渠道，穩定企業的正常運行，馬化騰開始籌謀著如何融資上市的問題。
這時候，融資對騰訊來說，已經算不上什麼難事了，無論是在國內還是在國外，騰訊的大名幾乎響遍了整個互聯網，也讓馬化騰的上市工作變得很容易開展。
關於在哪裡上市的問題，馬化騰說：「承銷顧問裡，六家建議在香港，四家建議在納斯達克，三家建議兩邊同時上，搞得我頭都大了。香港上市公司的平均市盈率比美國低，但如果我是香港的龍頭股呢？」
最終，馬化騰選擇了與深圳相隔一河的香港。要知道，2000年的時候，新浪、搜狐、網易都是在納斯達克上市的，馬化騰卻沒有跟著這些互聯網大佬們「湊熱鬧」。對此，他的解釋是，香港股市的要求要比納斯達克嚴格，只有騰訊上市時連續3年實現贏利，才具備在香港上市的資格，相比其他中國互聯網公司，只有騰訊一家做到了。
經過一番積極籌備，2004年6月7日，騰訊控股有限公司以中國內地最大的即時通訊產品QQ服務供應商的身份在中國香港創業板公開招股，正式向海外投資者發售股票。這個消息對外公佈之後，立即在中國互聯網界引起了軒然大波，因為在此之前，幾乎沒有人聽到騰訊準備上市的消息，所以馬化騰的保密工作實在是做得好，這讓那些天天為頭條新聞犯愁的媒體驚慌失措。
2004年6月16日，騰訊控股在香港聯交所正式掛牌交易。根據當時每股3.70美元的發行價來計算，騰訊一下子就擁有了62.2億港元的市值。而經過這次上市，馬化騰身邊(包括他自己在內)一下冒出了5個億萬富翁和7個千萬富翁。
根據持股比例計算，馬化騰持有騰訊14.43%的股權，賬面財富是8.98億港元；張志東擁有6.43%的股權，賬面財富為4億港元；而其他三位高層曾李青、許晨曄、陳一丹共持有9.87%的股權，合計約為6.14億港元。除此之外，騰訊其他7位高層擁有另外的6.77%股權，這7個人的共同財富為4.22億港元。
上市這條路讓企鵝的魅力再一次顯現出來。由於騰訊此時此刻已經是深得人心，所以在上市之後很快得到了股民們的全力追捧。儘管大多數投資者都保持著比較理性的心態，不會輕易對某個股票跟進，但騰訊的股票出馬不久，超額認購還是達到了146倍。
南非最大的付費電視運營商MIH集團在幾年間僅僅花費了4000萬美元，就獲得了騰訊公司一半的股權。而現在，MIH集團將享受由騰訊帶給它的市值超過20億港元的巨額回報。
那麼，騰訊上市之後，馬化騰準備將這些募集來的資金用到什麼地方去呢？由騰訊的招股文件可以得知，馬化騰計劃將8.18億元港幣注入到騰訊的新戰略方向——即時通信、娛樂和互聯網新業務，收購對象可能包括電子商務或音樂領域的增值服務，同時也不排除在未來收購第三方技術開發商和服務提供商的可能。至於剩下的2.5億元港幣，則用來對公司現有的業務進行拓展。
有分析人士指出，從2003年的騰訊盈利情況來看，馬化騰即使不進行招股募資，他們也具備了強大的現金流，足夠有能力收購國內一些從事即時通信和娛樂新業務的中小型公司。而從2004年第一季度騰訊的收入和盈利情況分析，它同樣處於持續盈利的狀態。因此，如果單從融資的角度來看，上市並非完全為了錢。
也有一些投資銀行認為，是大股東出於套現的目的才促成了騰訊的這次上市。可仔細觀察一下騰訊當時的股東組成結構和經營狀況，MIH應該已經收回了投資。那麼，馬化騰為什麼要將如此大的一塊肥肉送給香港的公眾股東呢？
這個答案或許在今天也並不明朗，不過從中我們可以發現，馬化騰在香港上市預示著騰訊要堅持本土發展的策略。另外，馬化騰在對比騰訊上市前後時也認為，雖然上市後騰訊還面臨著一些管理和架構協調的問題，不過公司基本的運作模式已經趨於正規化和穩定化，另外馬化騰對企業的規模化和業務發展也有了更完善、更科學的管制機制。如果騰訊不走上市這條路，它日後面臨的問題將是後勁不足，缺乏動力。
隨著騰訊的上市，騰訊迎來了員工的激勵問題。2008年，馬化騰在接受《北京青年週刊》採訪時說，對全體騰訊員工而言，騰訊的創始人和股東都非常重要，第一是融資，第二是提高形象，第三是股份流通和期權，而對吸引人才特別是高端人才來說更是重要。
雖然上市有錢花了，但是由此帶來的隱患也不容小覷，回顧中國的一些互聯網公司，因為早早走了上市這條路，很快就由草根變成了土豪，結果都不可避免地遇到了類似的問題：最早的一批員工因股票而腰纏萬貫，導致他們後來的工作動力不足，而那些新來的員工即使努力工作，在收入上也無法跟持有股權的員工相比，就會喪失工作的積極性。
2009年6月，馬化騰在接受《21世紀經濟報道》採訪時說，他們的老員工目前主要分為兩類：一類是確實沒有工作動力了，因為一般的激勵已經對他們毫無作用了，他們腦子裡想的都是自己出去創業；還有一類依然能保持很強的動力，也可以繼續成長，即便你沒有激勵他。馬化騰的意思很簡單，對於第一種員工，他無能為力。
雖然存在著先來後到的問題，但這個世界很多時候也是公平的，如果一個員工在這個公司待得時間越長，激勵每年也會跟著上漲。
馬化騰在騰訊上市之後的幾年內，一直奉行著股權激勵。2007年12月，騰訊發佈了股權激勵計劃，內容是股份將由獨立受托人購入，成本由騰訊支付，計劃由採納日期2007年12月13日起生效，有效期為十年。這個計劃規定，董事會授出的股份總數將限制在已經發行的股本的2%，而向獎勵個人授出的股份最高不會超過該發行股本的1%。
2008年8月29日，騰訊董事會研究決定，他們向公司184位員工授出萬股新股作為獎勵股份，這個舉措的目的是充分利用騰訊的現有資源來吸引和挽留他們需要的人才。2009年7月10日，騰訊董事會又開展了一項大規模的股權獎勵計劃，授出萬股股份獎勵共計1250名員工。可以說，這一次的股權激勵動作不小，讓人歎為觀止。
從股權激勵計劃可以看出，當馬化騰帶著他的小企鵝團隊走向了新的發展階段之後，新問題也接踵而來，他只有推出新政策去解決這些擺在面前的障礙性因素，才能駕馭著這艘在互聯網大海中疾行的巨艦行走得更遠。