中國的棲息地的破壞先得從濫伐森林說起。中國是全世界森林資源最少的國家之一，人均森林面積僅為0.3英畝，而世界人均森林面積有1.6英畝。中國的森林覆蓋率只有16％（日本卻有74％）。雖然中國政府大力推行單一樹種造林，使得森林總面積有所增長，但是原生林（特別是老齡木）仍在縮減當中。造成中國土壤侵蝕和洪水氾濫的主要原因就是濫伐森林。1996年，中國洪水肆虐，損失高達250億美元；1998年發生的洪水規模更大，影響到2.4億人。中國政府深受震驚，馬上採取行動，下令禁止砍伐原生林。中國的旱災也呈現出變本加厲的趨勢，其原因除了氣候變化外，濫伐森林也是罪魁禍首之一。每年的旱災使得30％的農地深受影響。
除了濫伐森林以外，另外兩個嚴重的棲息地破壞問題就是草原和濕地的破壞與退化。中國是繼澳大利亞之後自然草原面積最廣闊的國家，占國土面積的40％，主要分佈在乾燥的北部。但由於中國人口眾多，人均草原面積不及世界人均草原面積的一半。過度放牧、氣候變化和採礦等開發行為給中國草原造成嚴重的破壞，90％的草原已經開始退化。從20世紀50年代以來，每公頃草原的產草量下降了40％。雜草和毒草不斷擴散，侵犯到優質青草的生長。然而，草原退化不只關係到中國的糧食生產，亞洲許多國家的主要河流都發源於中國的青藏高原（世界最大的高原），如印度、巴基斯坦、孟加拉國、泰國、老撾、柬埔寨、越南，還有中國自己。草原退化使得黃河和長江洪災頻發，且規模龐大；也頻頻帶來沙塵暴（北京受沙塵暴襲擊的景象經常出現在世界各地的電視上）。
濕地面積逐漸減少，地下水位起伏很大，控制洪水和貯水的能力下降，濕地物種不是瀕臨滅絕就是已經消失。例如東北的三江平原是中國最大的淡水沼澤地，已有60％被開墾為農地，如果按照目前排水、開墾的速度，剩下的8000平方英里的沼澤地將在20年內消失。
巨大的經濟衝擊也帶來生物多樣性的消失，如過度捕撈和污染造成淡水與海洋魚類產量大減。中國在變得富裕的同時，魚類的消費量也隨之上升。過去25年來，人均水產品消費量將近增加5倍。中國的魚、軟體動物等水產品除出口量增加以外，國內需求也在上升。結果導致白鱘魚瀕臨滅絕，以前久負盛名的渤海對蝦減少了90％，還有小黃魚、帶魚等過去常見的魚類如今必須進口。每年從長江捕撈的野生魚類也下降了75％。自2003年以來，長江首次禁止捕魚。普遍看來，中國的生物多樣性還是相當豐富，擁有世界上10％的植物和陸棲脊椎動物物種。然而，目前中國有五分之一的原生物種處境危險（包括著名的大熊貓），還有許多珍稀物種（如揚子鱷和銀杏樹）也瀕臨滅絕。
在原生物種消減的同時，外來物種也在不斷地繁衍增多。中國向來就有積極引進有益物種的傳統。現在，由於國際貿易增加了60倍，在有意引進不少好物種的同時，不小心也讓一些有害物種混了進來。例如，上海港在1986年至1990年間，從30個國家的349艘進口貨輪中檢測出將近200種外國雜草種子。有些入侵的植物、昆蟲和魚類給中國的農業、水產養殖業、林業和畜牧業帶來巨大的經濟損失。
中國目前正在進行的世界上最大的開發工程，這無疑加重了環境問題。例如三峽大壩這座世界上最大的水壩於1993年開始動工，預計在2009年完工，以水力發電、防洪和提高航運能力為目標，項目成本達300億美元，社會成本為動遷百萬民眾，而環境成本則是水土保持和生態穩定壓力增加。至於南水北調工程，其代價更為昂貴，這項工程始於2002年，預計於2050年完工。工程預算高達590億美元，此外還可能造成污染擴散以及水資源失衡等問題。比南水北調工程更大的開發計劃是正在進行中的開發西部，中國領導人將開發這一半的國土視為國家重點發展計劃。